Oxford Nanopore開發連線智慧的奈米孔測序儀

訊

牛津奈米孔技術公司透露·•₪✘•，正在開發一種連線智慧使用的奈米孔感測器·•₪✘•，用於DNA測序和其他應用中✘·。公司還對其他研發中的新產品進行了介紹✘·。另外·•₪✘•，該公司成立了一家分公司·•₪✘•，名為GenomeFoundry·•₪✘•，關注合成生物學的應用✘·。

開發連線智慧使用的奈米孔儀器SmidgIon

公司首席技術官CliveBrown透露·•₪✘•，這款新型奈米孔儀器稱作SmidgIon·•₪✘•，正處於早期研發階段·•₪✘•，預計在2017年末可以投入使用✘·。該產品同樣將使用應用於MinIon和PromethIon儀器的核心奈米孔感測技術·•₪✘•，但是該儀器將比MinIon更小·•₪✘•，每個flowcell中有256個channel·•₪✘•，可以連線到智慧上或者其他低功率儀器上·•₪✘•，用於感應DNA☁↟₪₪、RNA或蛋白質✘·。

據公司透露·•₪✘•，SmidgIon可應用於更加廣泛的領域·•₪✘•，包括疾病爆發中的病原體監測·•₪✘•，分析環境樣本或者農業樣本·•₪✘•，對於野生動植物或木材進行實時物種鑑定✘·。

其他正在開發中的產品

Brown說·•₪✘•，另一個處於早期研發階段的產品稱作ProjectZumbador·•₪✘•，該產品將生物學樣本的核酸提取和文庫製備結合但是每種製品所要求的材料特性不1到一個裝置中·•₪✘•，將在第三季度釋出✘·。

公司同時還在研發MinIon和PromethIon上直接進行RNA測序的kits·•₪✘•，這項產品計劃在接下來的幾個月內提供給✘·。公司表示·•₪✘•，該產品可利用adapter和馬達蛋白控制RNA移位·•₪✘•，指導RNA進入奈米孔✘·。Oxford使用這種方法已經對來自人類鼻病毒的RNA進行了測序·•₪✘•，並表示直接進行RNA測序可以檢測到RNA上的甲基化修飾✘·。

另外一個產品VolTrax是一款樣本製備儀器·•₪✘•，將在今年秋天提前供應給目前使用Oxford奈米孔測序平臺的客戶✘·。公司表示·•₪✘•，便於操縱首批發布的儀器VolTrax將依附在一個小型USB儀器上·•₪✘•，然後附著於MioIon或者PromethIon儀器上✘·。

OxfordNanopore同樣還計劃不久後實現進口下滑其實不意味著國外裝備使用率降落MinKonw平臺鹼基識別軟體的本地使用✘·。

臺PromethIon近期已經出貨

Brown說·•₪✘•，臺PromethIon近期已經出貨給客戶了·•₪✘•，他還展示了該平臺的一些內部資料·•₪✘•，共使用了48個flowcell·•₪✘•，每個flowcell中含有3000個channel✘·。使用R9試劑·•₪✘•，每個奈米孔每秒測序250個鹼基·•₪✘•，準確率和小孔利用率都與MinIon一致✘·。該系統目前的效能是執行48小時產生6.2Tb資料·•₪✘•，將來會進一步增加至12.4Tb✘·。根據Brown的報告·•₪✘•，公司目前正在除錯軟體用於控制大型資料集的鹼基實時識別·•₪✘•，最佳化晶片表面化學試劑以及生產流程·•₪✘•，並開發一種快速的鹼基識別程式✘·。

全部使用新型奈米孔R9

除此之外·•₪✘•，Brown表示·•₪✘•，OxfordNanopore已經不再出售R7奈米孔的flowcell·•₪✘•，現在已經全部替換成R9奈米孔的flowcell·•₪✘•，R9即CsgG·•₪✘•，近得到比利時VIB研究所和倫敦大學學院授權✘·。Brown補充道·•₪✘•，新型的flowcell還整合了堅固的膜和一個更新的解旋酶馬達蛋白✘·。公司使用新的flowcell測序得到的長讀長為500kb·•₪✘•，目前主要關注於提升通量和同聚物識別能力✘·。

公司在一份宣告中指出·•₪✘•，R9系統具有更高的準確率·•₪✘•，尤其是對於1Dreads·•₪✘•，這種reads僅讀取DNA的一條鏈✘·。新型鹼基識別軟體不同於以往的隱馬爾可夫模型·•₪✘•，它是基於神經絡模型·•₪✘•，進一步提升了準確率✘·。R9型flowcell測序時·•₪✘•，每個奈米孔每秒測序250個鹼基·•₪✘•，而R7型每秒多測定70個鹼基·•₪✘•，因此公司表示換用R9型flowcell後MinIon將產出更多的資料✘·。Brown說·•₪✘•，目前1Dreads的準確率為90·•₪✘•，2Dreads準確率為95✘·。

與R9型flowcell配套·•₪✘•，公司正在推出一種快速測序kit✘·。用該kit建庫只需要10分鐘·•₪✘•，而且使用的耗材比以前更少·•₪✘•，MinIon執行開始後馬上進行資料分析✘·。公司宣告中表示·•₪✘•，目前許多早期客戶正在測試這款快速測序kit·•₪✘•，它將很快推出市場✘·。

成立分公司GenomeFoundry

Brown後提到了OxfordNanopore的一家新的分公司GenomeFoundry·•₪✘•，該公司旨在開發一種用於合成生物學的MinIon·•₪✘•，使用專有的☁↟₪₪、非亞磷醯胺的DNA合成試劑✘·。公司的目的是為了使用類似於VolTrax的儀器開發長鏈DNA分子✘·。